No es pot parlar de la flora marina de les Illes Balears sense esmentar la posidònia oceànica . Es tracta d´una planta marina amb flors i fruits que és comunament confosa per una alga. A les illes hi ha l’escull de posidònia de més llargària de tota la Mediterrània.
Aquesta planta forma prades marines que serveixen de llar i aliment per a milers d’espècies. També fan que les ones es frenin i aporten oxigen. Desgraciadament, aquesta espècie es troba en regressió.
Altres plantes abundants que podem trobar al fons marí són la cymodocea nodosa, una herba que arriba als 60 cm d’alçada i la zostera marina, una herba de fins a 150 cm de longitud amb fulles allargades i fines. Desafortunadament entre la flor marina balear podem trobar algues invasores com poden ser la caulerpa cylindracea, portada accidentalment d’Austràlia i la caulerpa taxifolia, que va començar a aparèixer pel mediterrani després d’una fuita accidental a l’aquari de Mònaco.
